Kadeerin pidätyksen todellisen syyn sanotaan kuitenkin olevan hänen Yhdysvalloissa elävä professorimiehensä, joka on voimakkaasti kritisoinut Kiinan Xinjiangissa harjoittamaa politiikkaa. Kadeerin mies oli poliittisena vankina useita vuosia ennen pakoaan Yhdysvaltoihin vuonna 1996, mistä hän sai poliittisen turvapaikan.

Rebiya Kadeer on Kiinan kansalainen, mutta kansallisuudeltaan hän on uiguuri. Kiinan yli 1,2-miljardisesta väestöstä noin kahdeksan prosenttia kuuluu muuhun kuin suurimpaan kansallisuuteen, han-kiinalaisiin. Turkinsukuista kieltä puhuvat uiguurit ovat Kiinan kolmanneksi suurin vähemmistökansallisuusryhmä, joka elää omalla, kuudenneksen Kiinan pinta-alasta kattavalla autonomisella alueellaan. Noin seitsenmiljoonaiset uiguurit ovat alueella enemmistönä han-kiinalaisten muodostaessa 38 prosenttia väestöstä ollen alueen toiseksi suurin kansallisuus.

Viime vuosikymmeninä Xinjiangissa on tapahtunut lukemattomia terroritekoja, alueella on ollut useita hallituksen vastaisia mellakoita ja muita välivaltaisuuksia. Viimeksi ristiriidat puhkesivat suuremmiksi levottomuuksiksi lähellä Kazakstanin rajaa sijaitsevassa kaupungissa vuoden 1997 alussa. Levottomuuksien jälkeen Kiina kovensi otteitaan nationalisteiksi, ääriuskonnollisiksi ja terroristeiksi epäilemiänsä islaminuskoisia uiguureja kohtaan. Maan yhtenäisyyden vaarantava separatismi on syy kuolemanrangaistukseen.

Syvään juurtuneet jännitteet uiguurien ja kiinalaisten välillä ovat osittain historiallisia, osittain tulosta nykypolitiikasta. Kiinan korostamaa taloudellista kehittymistä on tapahtunut Xinjiangissa, mutta kehitys on jakautunut epätasa-arvoisesti. Taloudellinen ja yhteiskunnallinen valta on han-kiinalaiseilla, joita vastaan uiguurit protestoivat.

Monet uiguureista eivät ole hyväksyneet Kiinan valtaa Xinjiangissa. He pitävät Kiinaa sortajana ja miehittäjänä. Kansallismieliset uiguurit vaativat suurempaa autonomiaa tai he haluavat perustaa Xinjiangista oman, Itä-Turkestaniksi tai Uigurstaniksi kutsutun valtion.

Keskeinen rooli uiguuriaktivismissa on länsimaissa vaikuttavilla uiguurijärjestöillä, joiden jäsenistö koostuu muun muassa maanpaossa elävistä uiguureista. Kiinan hallitus seuraa tarkasti ulkomailla tapahtuvaa poliittista aktivismia. Esimerkiksi Rebiya Kadeerin miehen osallistuessa uiguurijärjestöjen toimintaan Kadeer menetti passinsa. Häntä ja hänen lapsiaan on ahdisteltu ja uhkailtu vuoden 1997 alusta lähtien.

Vuoden 1997 levottomuuksien jälkeen Kiina kiristi otettaan kiinalaisvastaisuuden kitkemiseksi. Mellakkajohtajia teloitettiin myös julkisesti ja tuhansia ääritoiminnasta epäiltyjä uiguureja joko pidätettiin tai lähetettiin uudelleenkoulutukseen työleireille. Amnesty Internationalin mukaan uiguurit ovat joutuneet teloitusten, kidutuksen, mielivaltaisten pidätysten ja epäoikeudenmukaisten oikeudenkäyntien uhreiksi.

Rebiya Kadeerin oikeudenkäynnissä yhdenkään hänen perheenjäsenensä ei sallittu olla läsnä eikä yksikään paikallaolijoista ollut uiguuri. Hänen perheenjäsentensä ei ole sallittu käydä tapaamassa häntä vankilassa. Hongkongissa toimivan ihmisoikeusjärjestön mukaan hän on sairas, mutta häntä ole viety sairaalaan. Sydänvaivoista kärsivä Kadeer ei myöskään ole saanut lääkitystä vaivoihinsa.

Amnesty Internationalin mukaan Kiina on viime vuosina teloittanut poliittisia vankejaan ainoastaan Xinjiangissa. Tammikuusta 1997 Amnesty on dokumentoinut 190 teloitusta alueella. Järjestön raportissa kerrotaan tuhansista mielivaltaisista pidätyksistä ja listataan noin 200:n 1990 luvulla pidätetyn ja todennäköisesti edelleen vankilassa olevan poliittisen mielipidevangin ja poliittisen vangin nimet.

Luotettavia tietoja ja täsmällisiä lukuja on vaikea saada, koska Kiina rajoittaa tiedon saantia alueelta asian ollessa sille poliittisesti arka. Länsimaisten tutkijoiden ja toimittajien pääsy alueelle on kiinalaisten viranomaisten vallassa. Rebiya Kadeerin kohtaloa on puitu Yhdysvaltain kongressissakin ja pidätyksen vuosipäivänä uiguuriaktivistit osoittivat mieltään Kiinan suurlähetystön edustalla Washingtonissa. Muutama päivä vuosipäivän jälkeen Kiinan ulkoministeriö vei joukon länsimaisia toimittajia Xinjiangiin. He muun muassa haastattelivat Urumqin pormestaria, joka on etniseltä taustaltaan uiguuri.

Kiinalaismielisen pormestarin vastaukset kuvastivat hallituksen tavallista linjaa. Hongkongilaisen South China Morning Postin mukaan pormestari kiisti ihmisoikeusjärjestöjen väitteen siitä, että Kadeer tuomittiin lähettämästä tietoa, joka oli jo julkaistu virallisissa sanomalehdissä. Pormestarin mukaan kyseessä on ollut enemmänkin, sillä "ketään ei pidätetä pelkkien sanomalehtien kanniskelusta". Rebiya Kadeerin tuomio oli oikeutettu, sillä hän yritti vahingoittaa valtion turvallisuutta.