Euroopan unioni on asettanut tavoitteekseen luoda jäsenvaltioille yhteisen turvapaikkajärjestelmän, sillä nykyinen turvapaikka- ja pakolaispolitiikka on hyvin epäyhtenäinen. Tavoite on kirjattu Amsterdamin sopimukseen ja sitä on tarkemmin linjattu EU:n huippukokouksissa.

Tampereen huippukokous syksyllä 1999 oli turvapaikkapolitiikan kannalta erityisen tärkeä. Kokous jäi monien järjestöjen mieleen, koska turvapaikka-asiat kirjattiin kokouksen loppupäätelmiin ihmisoikeusmyönteisesti. Puhutaan ns. ’Tampereen hengestä’, jolla viitataan yhteisymmärrykseen siitä, että turvapaikkajärjestelmässä on sitouduttava Geneven pakolaissopimuksen kattavaan ja täysimääräiseen soveltamiseen. Tampereen huippukokouksen jälkeen EU:n turvapaikkapolitiikan suunta on kuitenkin ollut varsin toisenlainen.

Turvapaikkajärjestelmän harmonisoinnin ensimmäinen vaihe saatiin päätökseen vuonna 2004. Viiden vuoden aikana unionissa hyväksyttiin neljä turvapaikkadirektiiviä, jotka määrittelevät vähimmäistason, mitä jäsenvaltioiden tulee omissa järjestelmissään noudattaa. Tähän mennessä hyväksytyt direktiivit koskevat tilapäistä suojelua, pakolaisen ja täydentävän suojelun määritelmää, vastaanotto-olosuhteita sekä turvapaikkamenettelyä.

Kiistanalaisin direktiivi koskee turvapaikkamenettelyä. Erityisesti kansalaisjärjestöt ovat kritisoineet sitä voimakkaasti, koska se asettaa turvapaikkamenettelyn vähimmäistason niin alas, ettei se vastaa kansainvälisiä sopimuksia. Suomen pakolaisavun mukaan jäsenvaltiot ovat alentaneet oikeusturvan tasoa kasvavien hakijamäärien pelossa. Direktiivi ei käytännössä harmonisoi menettelyä, sillä se edelleen antaa jäsenvaltioille mahdollisuuden soveltaa omia järjestelmiään.

Vuonna 2004 hyväksytty Haagin ohjelma asettaa tavoitteet toisen vaiheen harmonisoinnille. Kun ensimmäisessä vaiheessa keskityttiin luomaan yhteiset säännökset unionin sisäiselle turvapaikkapolitiikalle, niin Haagin ohjelmassa tavoitteet painottuvat Euroopan unionin ulkopuolelle. Tarkoituksena on luoda ns. alueellisia suojeluohjelmia, joilla kehitetään pakolaisia ”tuottavien” maiden lähialueiden sekä läpikulkumaiden kapasiteettia tarjota pakolaisille suojelua. Viime vuosina unionissa on myös keskusteltu paljon turvapaikkahakemusten käsittelystä kolmansissa maissa. Tämän menettelyn toivotaan vähentävän tarvetta kääntyä ihmissalakuljettajien apuun. Vielä ei kuitenkaan ole pystytty löytämään toimivia ratkaisuja sille, miten hakemukset voitaisiin käsitellä jo ennen turvapaikanhakijoiden saapumista unionin alueelle.

Turvapaikkajärjestelmän uusien säädösten on määrä valmistua vuoteen 2010 mennessä.