Terrorismin torjunta ei ole ongelmatonta. Yhä useampi eurooppalainenkin valtio on ”terrorismin vastaisella sodalla” oikeuttanut toimia, jotka ovat ristiriidassa unionin perusvapauksia ja ihmisoikeuksia kunnioittavan periaatteen kanssa.
Kansalliseen turvallisuuteen vedoten on toimeenpantu lakeja, joilla yksilön oikeuksia on ollut mahdollista rajoittaa. Joissain unionin jäsenvaltioissa on myös kyseenlaistettu periaate, jonka mukaan ihmisoikeudet kuuluvat kaikille EU:n alueella oleville ihmisille.
Ihmisoikeusjärjestöt ovat ilmaisseet huolensa terrorismin vastaisen työn suuntauksista. Arvostelua on herättänyt terrorismiyhteyksistä epäiltyjen karkotukset kotimaihinsa, kidutuksen kiellon kyseenalaistaminen, terrorismiyhteyksistä epäiltyjen oikeus- ja tietosuojan heikentyminen sekä poliisin laajennetut oikeudet toimia suhteessa epäiltyihin. Viimeisimpänä huolenaiheena on noussut esiin Yhdysvaltojen tiedustelupalvelun, CIA:n salaiset vankikuljetukset ja vankila- ja kuulustelujärjestelmät Euroopan unionin alueella.
Ihmisoikeusjärjestöt ovat arvostelleet myös muita EU:n toimia terrorismin vastaisessa työssä. Muun muassa "mustat listat", eurooppalainen pidätysmääräys sekä terroristiepäiltyjen luovuttaminen kolmansiin maihin ovat herättäneet huolta. Nämä rajoittavat henkilön perusoikeuksia ja ovat vastoin unionin ihmisoikeuksien kunnioitusperiaatetta.
Ihmisoikeuksien kunnioittaminen taattava
Terrorismi on vakavasti otettava uhka, jonka torjuminen vaatii tehokkaita ja yhtenäisiä toimia, yhteistä päätöksentekoa sekä valvonnan tehostamista. Ihmisoikeuksien kunnioittaminen tulee kuitenkin olla kaiken toiminnan lähtökohta. Turvallisuudesta ei saa tulla tekosyy ihmisoikeusloukkauksille. Selkeiden ja sitovien oikeudellisten standardien luominen on välttämätöntä, mikäli EU-maat aikovat täyttää sitoumuksensa turvata ihmisoikeudet kaikille ihmisille.