Vuoden 2001 New Yorkin terrori-iskujen jälkeen terrorismin torjunnasta on tullut yksi EU:n keskeisimmistä toiminnan painopisteistä. Välittömästi iskujen jälkeen pidettiin ylimääräinen Eurooppa-neuvoston kokous, jossa annettiin selkeä tuki Yhdysvalloille, joka ryhtyi taistelemaan terrorismia vastaan ja pyrki saattamaan terroristit ja heidän liittolaisensa oikeuden eteen.
Samassa yhteydessä hyväksyttiin EU:n ensimmäinen terrorismin vastaisen toimintasuunnitelma. Sen avulla on pyritty luomaan koordinoitu ja johdonmukainen lähestymistapa terrorismin vastaiseen työhön. Tarkoituksena on lisätä yhteistyötä eri aloilla ja helpottaa näin terrorismista epäiltyjen jäljittämistä, kiinniottamista ja saattamista oikeuden eteen.
Vuoden 2004 terrori-isku Madridissa toi terrorismin uudella tavalla EU:n maaperälle. Tapahtuman jälkeen unioni antoi julkilausuman, jossa terroriteot katsotaan hyökkäyksiksi EU:n perusarvoja vastaan. Iskujen jälkimainingeissa perustettiin terrorismin torjunnan koordinaattorin virka, jonka avulla EU:n toimintaa terrorismin vastaisessa työssä on pyritty ohjaamaan ja sen näkyvyyttä parantamaan. Tehtävään nimitettiin hollantilainen Gijs de Vries maaliskuussa 2004.
Myös Suomeen on perustettu eri hallinnonaloja yhdistävä terrorismin torjunnan asiantuntijatyöryhmä. Sen avulla pyritään entistä paremmin varautumaan kansainvälisen terrorismin uhkaan sekä kehittämään eri viranomaisten yhteistyötä. Lisäksi kaikki unionin jäsenvaltiot yhtenäistävät parhaillaan lakejaan, jotta terrorismista voitaisiin asettaa syytteeseen ja rangaista samalla tavoin kaikkialla EU:ssa.
