Komissio on jäsenvaltioista riippumaton elin, jolla on aloitemonopoli ja laaja täytäntöönpanovalta yhteisölainsäädännössä. Siinä on 25 jäsentä, yksi komissaari kustakin jäsenmaasta, ja sitä johtaa puheenjohtaja. Komissio nimitetään joka viides vuosi kuuden kuukauden kuluessa Euroopan parlamentin vaaleista. Nykyisen komission toimikausi alkoi 22. marraskuuta 2004. Sen puheenjohtaja on José Manuel Barroso.
Komissio osallistuu yhteisen ulko- ja turvallisuuspolitiikan toteutettavaan työhön, neuvotteluihin kolmansien maiden kanssa sekä EU:n politiikan ja kantojen määrittelyyn ihmisoikeuksien alueella. Komission tehtävänä on myös laatia esityksiä lainsäädäntöön sekä tehdä rahoituspäätöksiä hankkeista, jotka edistävät ihmisoikeuksia kolmansissa maissa.
Komissiossa on vähintään yksi komissaari kustakin EU:n jäsenmaasta. Komissaarit vastaavat kukin omasta toimialastaan. Suomen komissaarina on vuodesta 2004 toiminut Olli Rehn. Hän vastaa unionin laajentumiseen liittyvistä kysymyksistä.
