Neuvostoa avustaa pääsihteeristö, joka huolehtii neuvoston istuntojen valmistelusta ja kokousten asianmukaisesta sujumisesta. Neuvoston pääsihteerinä on toiminut vuodesta 1999 lähtien Javier Solana.
Pääsihteeri toimii unionin yhteisen ulko- ja turvallisuuspolitiikan (YUTP) edustajana, avustaa neuvostoa poliittisten päätösten valmistelussa ja täytäntöönpanossa. Lisäksi pääsihteeri käy neuvoston puolesta poliittista vuoropuhelua EU:n ulkopuolisten maiden kanssa.
EU: n ihmisoikeuspolitiikan johdonmukaisuuden ja jatkuvuuden lisäämiseksi Javier Solana nimitti 2005 henkilökohtaiseksi avustajakseen Michael Matthiessenin vastaamaan ihmisoikeusasioista yhteisen ulko- ja turvallisuuspolitiikan alalla.
Neuvoston puheenjohtajuus
Neuvostolla on kiertävä puheenjohtajuus. Kukin jäsenvaltio toimii vuorotellen puheenjohtajana kuuden kuukauden ajan. Maa huolehtii neuvoston esityslistasta ja toimii puheenjohtajana kaikissa kokouksissa koko kautensa ajan. Puheenjohtajamaa pyrkii edistämään unionin lainsäädäntöä ja poliittisia päätöksiä sekä löytämään sovitteluratkaisuja jäsenvaltioiden välillä.
Suomen puolivuotinen puheenjohtajuuskausi alkoi 1. heinäkuuta 2006 Itävallan puheenjohtajuuden jälkeen. Ihmisoikeuksilla on näkyvä rooli Suomen puolivuotiskaudella. Suomi pyrkii muuttamaan EU:n ihmisoikeuspolitiikkaa johdonmukaisemmaksi, lisäämään eri tahojen vuoropuhelua ja seuraamaan tehokkaammin yhteisesti sovittuja suuntaviivoja.
Edellisen kerran Suomi toimi neuvoston puheenjohtajana vuonna 1999.
Euroopan komissio
Komissio on jäsenvaltioista riippumaton elin, jolla on aloitemonopoli ja laaja täytäntöönpanovalta yhteisölainsäädännössä. Siinä on 25 jäsentä, yksi komissaari kustakin jäsenmaasta, ja sitä johtaa puheenjohtaja. Komissio nimitetään joka viides vuosi kuuden kuukauden kuluessa Euroopan parlamentin vaaleista. Nykyisen komission toimikausi alkoi 22. marraskuuta 2004. Sen puheenjohtaja on José Manuel Barroso.
Komissio osallistuu yhteisen ulko- ja turvallisuuspolitiikan toteutettavaan työhön, neuvotteluihin kolmansien maiden kanssa sekä EU:n politiikan ja kantojen määrittelyyn ihmisoikeuksien alueella. Komission tehtävänä on myös laatia esityksiä lainsäädäntöön sekä tehdä rahoituspäätöksiä hankkeista, jotka edistävät ihmisoikeuksia kolmansissa maissa.
Komissiossa on vähintään yksi komissaari kustakin EU:n jäsenmaasta. Komissaarit vastaavat kukin omasta toimialastaan. Suomen komissaarina on vuodesta 2004 toiminut Olli Rehn. Hän vastaa unionin laajentumiseen liittyvistä kysymyksistä.
