EU:n yhteiseen ulko- ja turvallisuuspolitiikkaan (YUTP) kuuluu myös nykyään turvallisuus- ja puolustuspoliittista yhteistyötä. Varsinainen oikeudellinen perusta tälle luotiin Maastrichtin sopimuksessa 1992 ja käytännössä sitä lähdettiin toteuttamaan vuoden 1999 jälkeen. Sen lopullisena päätepisteenä voi olla yhteinen EU-armeija, mutta matka tähän on edelleen pitkä eikä kaikkien maiden tavoitteiden mukainen. Julkisuudessa kun puhutaan EU:n turvallisuuspolitiikasta, keskustellaan nimenomaan näistä EU-joukoista, niiden toimivallasta ja koostumuksesta.

Turvallisuus ja puolustuspoliittisen yhteistyön perustana toimii vuonna 2003 hyväksytty Euroopan turvallisuusstrategia (katso alla).

Konfliktien yhteydessä tapahtuu aina ihmisoikeusloukkauksia ja se miten konfliktit pyritään ratkaisemaan vaikuttaa siten myös ihmisoikeustilanteen kohentumiseen. Siksi turvallisuus- ja puolustuspolitiikalla on keskeinen rooli EU:n käytännön ihmisoikeuspolitiikan toteuttajana.

EU:n turvallisuus- ja puolustuspolitiikka perustuu sekä sotilaalliseen että siviilitoimintaan. Sotilaiden käyttö on rajattu Petersbergin tehtäviin (Petersberg on linna Bonnin ulkopuolella Saksassa, jossa asiasta sovittiin). Nämä tehtävät on muodollisesti kirjattu sopimuksessa Euroopan Unionista.

Petersbergin tehtävät ovat:
1) Humanitaarinen väliintulo ja pelastusoperaatiot
2) Rauhanturvaoperaatiot
3) Taistelujoukot kriisinhallinnassa

EU:n tavoitteena on luoda unionille oma 60 000 henkilön reservi, josta voitaisiin nopeasti lähettää joukkoja mahdollisille kriisialueille yllä mainittuja tehtäviä suorittamaan.

EU:n strategia konfliktinehkäisystä ja rauhanrakentamisesta ei rajoitu sotilaalliseen toimintaan, vaan pitää sisällään myös demokratian tukemista ja oikeusvaltiokehitystä. Tässä yhteydessä EU toteuttaa myös käytännön ihmisoikeushankkeita. EU:n siviilikriisinhallinnalla on viisi painopistettä:

1) Poliisitoiminnan kehittäminen
2) Oikeusvaltiokehitys
3) Siviilihallinnon kehittäminen
4) Siviilien suojelu (mukaan lukien pelastustoimi)
5) Ihmisoikeustarkkailu (monitorointi)

Käytännössä EU:n siviilikriisinhallinta joutuu kuitenkin koko ajan painimaan rakenteellisen ongelman kanssa. Yhteinen ulko- ja turvallisuuspolitiikka, joka pitää sisällään turvallisuusstrategian ja siviilikriisihallinnan projekteja, on osa kakkospilaria. Kuitenkin isot rahat liikkuvat nimenomaan komission omissa kehitysyhteistyöhankkeissa ja rauhanrakentamisaloitteissa, jotka ovat yhteisöpäätöksenteon, eli ykköspilarin, alla.

Turvallisuusstrategian toimeenpanossa Neuvoston pääsihteeri eli EU:n korkea edustaja (”ulkoministeri”) Javier Solana on ratkaisevassa asemassa. Neuvoston alaisuudessa Solanan toimiston lisäksi tärkein turvallisuus- ja puolustuspolitiikan toimija on poliittisten ja turvallisuusasioiden komitea (COPS) joka kokoontuu viikoittain Brysselissä. Sen alaisuudessa toimii erikseen EU:n sotilaskomitea.